Vor zwei Jahren besiegte ein Trainer namens Rot Giovanni, den Boss von Team Rocket, der die Organisation daraufhin auflöste und sich mit seinem Sohn Silver in der verlassenen Arena von Vertania City in der Region Kanto versteckte. Doch seine ehemalige rechte Hand, Atlas mit Namen, verriet die beiden an die Polizei, jedoch gelang ihnen die Flucht. Doch das reichte ihm nicht. Vor einem Jahr sammelte Atlas die verbliebenen Überreste von Team Rocket und gründete die Organisation sozusagen neu, seit dem terrorisiert sie die Jotho Region und versetzt die Bürger in Angst und Schrecken, die Polizei ist machtlos. Der neue Boss beihlt nun sogar Übergriffe auf die ebenfalls benachbarte Region Hoenn.
Hoenn
In Hoenn indes hat Team Magmar unter der Führung ihres Bosses Marc seine Erzfeinde, das Team Aqua, zerschlagen. Doch dann wächst die Bedrohung durch Team Rocket und der Boss entschließt sich nach Jotho zu gehen und ihnen eine Lektion zu erteilen.